Cytoscape(撮影編2-2)

「Cytoscapeを使いこなす ～インストール・基本操作編～」アップしました。

本家: http://togotv.dbcls.jp/20131017.html#p01

YouTube版: http://youtu.be/kfte60OO-60

Cytoscapeの使い方の資料としてこちらの講習会で使われたPDFも参考にさせていただいています。

応用編は多分2つに分かれますが、次のはこんなかんじです

galFiltered.csvのネットワーク読み込み

→galExpData.csvの属性値読み込み

→LayoutとViz Mapperで軽く見た目を整える

→Betweeness CentralityやらEdge Betweenessやらをノード、エッジの大きさ、太さに反映する(可視化する)

→Viz Mapperである属性値をノードの色に反映する

→フィルターをかける

Cytoscape(撮影編2-1)

今回は、前回まで作ってきた「インストール、基本操作編」の動画の出力と、新しく撮影する「応用編」の確実に使う部分の撮影、動画編集をやりました。

「インストール、基本操作編」については来週の日付にし、oさんのPCに送るところまでやらせていただきました。

応用編

久しぶりにCytoscape触ったら、どこの操作をどこを参考に知ったかの記録が残っていなくて面倒な思いをしたのでこれからは積極的に残していこうかと思います。

チュートリアル

http://opentutorials.cgl.ucsf.edu/index.php/Portal:Cytoscape3

フォーマット

http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats

その他：pdf

自分が昔調べて忘れたことをまた調べ直すのは随分アホらしいなあと思いました。

あと、「来週も来ます」と言ってから1ヶ月くらい来なくてすみませんでした。

Cytoscape(撮影編1-3)

前回に引き続き、Cytoscapeの撮影をしました。

取り敢えず、1本目となる「インストール・基本操作編」が大体できました。

いまのところ基本編の内容はこんな感じです。

インストール、基本操作編

Cytoscapeとは→

インストール(Java 64bit.ver)→

Edge,Nodeとは→

Edge,Nodeの作り方→

名前、色、種類の付け方、Edgeのタイプの変更→

VisMapperによるネットワークのスタイルの変更→

スタイルの保存(Options)→

Layoutでの拡大、回転→

yFiles Layout

おそらく「インストール・基本操作編」の時点では、特にCytoscapeを実際の研究に役立てることはできないだろうと思います。

ここではインストールの方法と、触ってみたという程度のことしか説明していません。 

今回作るCytoscapeの動画は、基本操作編で1本、応用編で2本になりそうです。

応用編の内容は今のところこんな予定です。

応用編

galFiltered.csvとgalExpData.csvからのネットワーク作成→

ノード、エッジサイズの変更→

ノード、エッジ色の変更→

フィルタ機能によるpdのエッジとそのノードの抽出→

低発現の遺伝子に注目→

GAL4,11の周辺ネットワークを抽出→

公的データベースからのデータの取り込み方

前作から

・公的データベースからのデータの取り込み方

・中心媒介性によるノード、エッジサイズの変更

という要素が増えています。

応用編は1本では作りきれそうにないので、2本とかに分けることになると思います。

ここで悩んでいることがあります。

おそらくCytoscapeというツールを使いたいと人に思わせるための有効な手段の一つに、Cytoscapeにより作ったかっこいい(美しい、わかりやすい)ネットワークを例示するということがあると思います。

そのためにはサンプルデータgalFiltered.cysのネットワークを表示するのがいいと思うのですが、どうしましょうか。作り方を説明するのはまだきちんと調べていませんが、厳しい気がします。どうしましょうか。

Cytoscape(撮影編1-2)

やったこと

「インストール・基本操作編」撮影の続き。

 大体撮り終えましたが、エッジの色の変更を「unselected」の状態に対してでなく、「selected」の状態に対してやってしまっていたので、その部分を撮り直さないといけません。

それ以降の部分も動画として30秒分くらい撮り直さないといけないと思いましたが、内容的に必ずしも撮り直さなくてもいい気がしてきました。

また別の反省として、あとで(撮り)直したくなった時のために、撮影用に作ったものは逐一保存したほうがよかったと思いました。

Camtasiaが落ちたから一旦閉じようとしているのに、なかなか閉じられてくれません。

Cytoscape(撮影編1-1)

今日やったこと

今回からCytoscapeの撮影に入りました。

一つ目は「インストール・基本操作編」です。

操作方法が変わっている以外ほぼ前作通りです。

Google画面開いたらドビュッシー生誕151周年仕様になっていたので、今回は一番最初の導入部分は撮らずに続きの部分からやりました。

Memo

SIF Format(Simple Interaction File)

http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats

Cytoscape(読解編)

前回操作は確認しましたが、意味のよく分からない操作が多々あったので、今回はそれらを調べました。

また、前作の動画やPDFではノードやエッジのサイズはそのままでしたが、各遺伝子の中心性に応じてサイズを変える方法も気になったので調べました。

特に大変ではないし、便利な機能だと思うので、こちらも解説したいと思いました。

ノード、エッジのサイズ変更

ネットワークにおける中心性の指標は様々な種類があるようですが、ここではサンプルのネットワーク(galFiltered.cys)に倣って媒介中心性(betweenness centrality)を採用します。

媒介中心性:「その点を通る経路が多いほど、中心性が高い」とする計算法

手順

 ネットワークを作る→「Tools/Network Analyzer/Network Analysis/Analyze Network」→「OK」→「Network Statistics of gelFiltered.csv/Betweenness Centrality」→「Visualize Parameters」→

→「Map node size to」を「Betweenness centrality」、「Map edge size to」を「Edge Betweenness」にする→「Apply」

問題点

上記の操作をすると、ノードとエッジの色が変更されてしまう(元々用意されている色使いか白黒になってしまう)。

メモ

Delimiter:区切り文字

galExpData.pvals

～R(G):各実験名(マイクロアレイ)。「～」は潰した遺伝子の名前。

一つ目のカラム:発現量(value)

二つ目のカラム:p value

次回から撮り始めたいと思います。 

(「見たまま編集」の調子が悪いような......) 

Cytoscape(操作チェック編)

今回はPDF資料の操作を試しました。

表記や微妙なレイアウトの違いはありましたが、問題なくできました。

前作の動画の流れ

1.インストール、基本操作の説明

2.サンプルデータの読み込み→部分パスウェイの抽出(フィルタリング)→発現量の強さの視覚化

前作から変更したい点

・エッジ、ノードなどの用語の説明

・前回の動画ののようにpvalsファイルが使えないため、PDF通りの操作をする(上記のような大まかな流れは変わらない)

・インポート機能によるデータの取り込みの説明追加

(余裕があれば、各レイアウトの特徴の説明)

今作の流れ案

1.インストール、基本用語、操作の説明

2.サンプルデータの読み込み(galFiltered.csv(ネットワークデータ)、galExpData.csv(属性値))、グラフ作成→属性値に依存したノード色などの編集→部分パスウェイの選択→データベースからのデータの読み込み

メモ

Gal遺伝子：ガラクトースの代謝に関与

HDAC1：histone deacetylase

そろそろこのブログもきちんといじりたいですね。