今回は、同じものを示すにも関わらず異なるものとしてインポートされたものを含むネットワークをマージする方法を調べました。 前回BioGridとStringからそのままネットワークを作成したところこのようになりました。 青、オレンジのノードの塊があるのがわか…

Cytoscapeを使って実験データを可視化するではSampleDataの中に入っているマイクロアレイの実験データを作成したネットワークに入れ、さらにその結果を可視化しました。 次は、Cytoscapeを使って公共のデータベースからデータを取得してネットワークを作成す…

「Cytoscapeを使って実験データを可視化する」できました！ http://togotv.dbcls.jp/20131129.html#p01 YouTube版 内容はリンク先のとおりです。 作成したネットワークにマイクロアレイ実験のデータを取り込んで、可視化、部分パスウェイの抽出をします。 Ne…

結局 ・実験データの取り込み、可視化、部分パスウェイの抽出 ・公的データベースの取り込み、比較 の2つで別々の動画にすることになりました。 先に前者をうｐして、後者をもう少し掘り下げます。 前者は次回 ・吹き出し内表現の統一(「。」や「パスウェイ…

今日も撮影・編集でした。 ノードの大きさ云々は別にいれなくてもいい内容な気がしてきました。 入れなかった場合は調べた内容をここにきれいにまとめようと思います。

今回も引き続きCytoscapeの撮影でした。 ストーリーがちょくちょくぶれていてすみません。 メモ 中心性 http://www.logos.ic.i.u-tokyo.ac.jp/~chik/InfoTech11/10%20Masuda.pdf Network Analyzer http://med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/netanalyzer/help/2.7/in…

「Cytoscapeを使いこなす ～インストール・基本操作編～」アップしました。 本家: http://togotv.dbcls.jp/20131017.html#p01 YouTube版: http://youtu.be/kfte60OO-60

今回は、前回まで作ってきた「インストール、基本操作編」の動画の出力と、新しく撮影する「応用編」の確実に使う部分の撮影、動画編集をやりました。 「インストール、基本操作編」については来週の日付にし、oさんのPCに送るところまでやらせていただきま…

前回に引き続き、Cytoscapeの撮影をしました。 取り敢えず、1本目となる「インストール・基本操作編」が大体できました。 いまのところ基本編の内容はこんな感じです。 インストール、基本操作編 Cytoscapeとは→ インストール(Java 64bit.ver)→ Edge,Nodeと…

やったこと 「インストール・基本操作編」撮影の続き。 大体撮り終えましたが、エッジの色の変更を「unselected」の状態に対してでなく、「selected」の状態に対してやってしまっていたので、その部分を撮り直さないといけません。 それ以降の部分も動画とし…

今日やったこと 今回からCytoscapeの撮影に入りました。 一つ目は「インストール・基本操作編」です。 操作方法が変わっている以外ほぼ前作通りです。 Google画面開いたらドビュッシー生誕151周年仕様になっていたので、今回は一番最初の導入部分は撮らずに…

前回操作は確認しましたが、意味のよく分からない操作が多々あったので、今回はそれらを調べました。 また、前作の動画やPDFではノードやエッジのサイズはそのままでしたが、各遺伝子の中心性に応じてサイズを変える方法も気になったので調べました。 特に大…

今回はPDF資料の操作を試しました。 表記や微妙なレイアウトの違いはありましたが、問題なくできました。 前作の動画の流れ 1.インストール、基本操作の説明 2.サンプルデータの読み込み→部分パスウェイの抽出(フィルタリング)→発現量の強さの視覚化 前作か…

今度はCytoscapeを始めることになりました。 Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん…