今回は、同じものを示すにも関わらず異なるものとしてインポートされたものを含むネットワークをマージする方法を調べました。 前回BioGridとStringからそのままネットワークを作成したところこのようになりました。 青、オレンジのノードの塊があるのがわか…

Cytoscapeを使って実験データを可視化するではSampleDataの中に入っているマイクロアレイの実験データを作成したネットワークに入れ、さらにその結果を可視化しました。 次は、Cytoscapeを使って公共のデータベースからデータを取得してネットワークを作成す…

「Cytoscapeを使って実験データを可視化する」できました！ http://togotv.dbcls.jp/20131129.html#p01 YouTube版 内容はリンク先のとおりです。 作成したネットワークにマイクロアレイ実験のデータを取り込んで、可視化、部分パスウェイの抽出をします。 Ne…

結局 ・実験データの取り込み、可視化、部分パスウェイの抽出 ・公的データベースの取り込み、比較 の2つで別々の動画にすることになりました。 先に前者をうｐして、後者をもう少し掘り下げます。 前者は次回 ・吹き出し内表現の統一(「。」や「パスウェイ…

あとちょっとで作り終わります。 まだ見直し等していないので、そのへんは来週やります。 あと全部で12分くらいになりそうなので、その辺をどうするかも考えたいです メモ http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl?taskId=_Bw92_dVI4Z5&…

今日も撮影・編集でした。 ノードの大きさ云々は別にいれなくてもいい内容な気がしてきました。 入れなかった場合は調べた内容をここにきれいにまとめようと思います。

今回も引き続きCytoscapeの撮影でした。 ストーリーがちょくちょくぶれていてすみません。 メモ 中心性 http://www.logos.ic.i.u-tokyo.ac.jp/~chik/InfoTech11/10%20Masuda.pdf Network Analyzer http://med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/netanalyzer/help/2.7/in…

「Cytoscapeを使いこなす ～インストール・基本操作編～」アップしました。 本家: http://togotv.dbcls.jp/20131017.html#p01 YouTube版: http://youtu.be/kfte60OO-60

今回は、前回まで作ってきた「インストール、基本操作編」の動画の出力と、新しく撮影する「応用編」の確実に使う部分の撮影、動画編集をやりました。 「インストール、基本操作編」については来週の日付にし、oさんのPCに送るところまでやらせていただきま…

前回に引き続き、Cytoscapeの撮影をしました。 取り敢えず、1本目となる「インストール・基本操作編」が大体できました。 いまのところ基本編の内容はこんな感じです。 インストール、基本操作編 Cytoscapeとは→ インストール(Java 64bit.ver)→ Edge,Nodeと…

やったこと 「インストール・基本操作編」撮影の続き。 大体撮り終えましたが、エッジの色の変更を「unselected」の状態に対してでなく、「selected」の状態に対してやってしまっていたので、その部分を撮り直さないといけません。 それ以降の部分も動画とし…

今日やったこと 今回からCytoscapeの撮影に入りました。 一つ目は「インストール・基本操作編」です。 操作方法が変わっている以外ほぼ前作通りです。 Google画面開いたらドビュッシー生誕151周年仕様になっていたので、今回は一番最初の導入部分は撮らずに…

前回操作は確認しましたが、意味のよく分からない操作が多々あったので、今回はそれらを調べました。 また、前作の動画やPDFではノードやエッジのサイズはそのままでしたが、各遺伝子の中心性に応じてサイズを変える方法も気になったので調べました。 特に大…

今回はPDF資料の操作を試しました。 表記や微妙なレイアウトの違いはありましたが、問題なくできました。 前作の動画の流れ 1.インストール、基本操作の説明 2.サンプルデータの読み込み→部分パスウェイの抽出(フィルタリング)→発現量の強さの視覚化 前作か…

今度はCytoscapeを始めることになりました。 Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん…

まさか二桁日目行ってしまうとは...... Galaxy作り終わりました。 感想としては、ばいおいんふぉまてぃくすという感じがして面白かったです。元々こういうことというのはドライ寄りな生命科学者や生命科学に興味のある情報科学者がやるものだと思っていまし…

動画の直しの続きをやりました。 説明の補足、題名の変更、視覚的な効果の追加を主にやりました。 次回アップしたいです。

今日はこれまで作成した動画を直しました。 主に直したポイントは ・わかりにくい言葉をわかりやすくする。 ・省いていた説明を補う。 ・テンポを遅くする でした。要はわかりやすく、観やすくするということですね。 直しは4/5程度終わりました。 これから…

Galaxyようやくあと少しです。 こちら のようなことをしましたが、前回の動画(2009/03/11)と同じ操作にもかかわらず、目的の領域の数が535個→935個と大幅に増えており、生命科学研究の発展の速さを感じました。 種間のゲノムの相同性が視覚的に確認できない…

動画のCamtasia Studio8から7への作り変えをしました。 「8はキャプチャ無視して吹き出しが使えたのは楽だったな～」と思いました。 吹き出しの台詞が我ながらルー語じみているのですが、筆者にはもっといい書き方が思いつきません。 これくらいしか書くこと…

Galaxyでヒトゲノム上の遺伝子の上流200bpとP53の予測結合領域の共通領域をUCCS Genome Browserに出力したとき、例としてANKRD65(ankyrin repeat domain 65)を見てみました（単に一番最初に出てくるものであったため）。 すると、上流にも関わらず、染色体の…

前回、Galaxyで得た情報をUCSC Genome Browserで見るためのリンクがなくなっていたといったようなことを言いましたが、直していただきできるようになりました。 そこで、UCSC Genome BrowserとEnsemblで見る方法を紹介することになりました。

今回、手に入れたデータをUCSC Genome Browserで見ようとしたところ、以前はヒストリーにUCSC Genome Browserのリンクがあったのですがそれがなくなり代わりにIGB、Ensembl、RViewerのリンクができていました。 また、現在下記のような方法でUCSC Genome Bro…

二日目ですが、今日は前作での作業の目的やら台詞やら構成やら考えるだけで終わってしまいました。 前回の動画にあった説明でヒトゲノム上の転写制御因子をリストアップしたページ上で「p53」を文字列検索するという作業が含まれていました。この作業の目的…

これまでやっていたEntrezですが、なくなってしまったのですね...... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery Entrezのデザインの方が素敵だった気がするのですが。 今回からGalaxyに着手することになりました。 Galaxyは、Penn State University Center …

今日は前回作成したものをあげました。 YouTube版：http://youtu.be/yiyLmea32lE 本家のほうが途中です。 中途半端なところですみません 5/24 追記 本家：http://t.co/rtUny0xR6E

今日も引き続きUnigeneの動画作成でした。 手直しがメインで、Oさんにかなり手伝ってもらい、upしていませんが動画自体は出来上がりました。 また、内容に関しては、「Entrez」の読み方や「アノテーション」という言葉についての説明が追加されました。 次回…

前回に引き続きビデオの作成です。 今回は一応最後の説明を終える部分までで行きました。 今回前作から新たに加えた主な要素は、FASTA形式でのファイル保存以外のページ•配列情報の保存方法の説明でした。 配列情報はファイル保存以外に以下のものがありまし…

今回からUnigeneの動画の撮影に入りました。 動画の展開はオリジナルに前回書いた追加要素を入れたものにします。 オリジナルに直す部分はなく、一部追加するだけなのですが、動画の作り方の勉強ということで(構成、言葉等はともかく)一から撮り直すことにな…

0425に記録した時のものをそのまま掲載します。 単語Entrez:NCBI提供のデータベース統合検索システムUnigene:遺伝子のEST配列のデータベース。同じ遺伝子座からの転写量を同定し、EST:expressed sequence tag 転写産物の「目印」CDS:タンパク質コーディング…