Cytoscape(撮影編2-7) - am

「Cytoscapeを使って実験データを可視化する」できました！

内容はリンク先のとおりです。

作成したネットワークにマイクロアレイ実験のデータを取り込んで、可視化、部分パスウェイの抽出をします。

ここで動画としては紹介できなそうなNetworkAnalyzerについて説明します。

NetworkAnalyzerを使うとグラフの様々なパラメータを一気に計算し、またその結果をネットワークの見た目(ノード、エッジのサイズや色)に反映することが出来ます。

ネットワークを作成し「Tool/NetworkAnalyzer/NetworkAnalysis/Analyse Network」とクリックすると以下の様な画面が出ます。

各項目をクリックするとそれぞれの結果をみられます。

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(各ノードの隣のノードの数と中心近傍性)

「Visualize Parameters」をクリックすると以下の様な画面が出ます。

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ここで好きなパラメータの種類を選択することが出来ます。

ノードサイズ: BetweennessCentrality

エッジサイズ:EdgeBetweeness

ノード色: Column4

を選択した結果が以下のものです。

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「Tool/NetworkAnalyzer/NetworkAnalysis/NetworkAnalyzer Settings」で色の種類などを変更することも出来ます(bright colorsを緑→青にした例(あまり変わっていない))

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参考URL

ところでここまで書いて気づきましたけど、このブログのタイトルの付け方って傍から見て何書いてあるのか全然わかりませんね！